Phòng Kinh Doanh Xuất Nhập Khẩu quản lý hoạt động xuất nhập khẩu của toàn công ty. Ngoài ra, phòng có trách nhiệm kinh doanh quốc tế cho các sản phẩm của thương hiệu Seaspimex và thương hiệu Batri Seafood thông qua kênh kinh doanh truyền thống và kênh thương mại điện tử.

Phòng Cung Ứng Kế Hoạch lập kế hoạch, quản lý và thu mua các nguồn lực phục vụ hoạt động của công ty.

Phòng Kinh Doanh Nội Địa đang quản lý hoạt động kinh doanh và phân phối các sản phẩm của Seaspimex tại Việt Nam thông qua các kênh bán hàng truyền thống, bán hàng hiện đại, HORECA và thương mại điện tử.

Xí nghiệp Thủy Sản Ba Tri là chi nhánh của Seaspimex tại Bến Tre chuyên về các mặt hàng thủy hải sản đông lạnh.

Phân xưởng Cá Hồi chuyên xử lý cá Hồi và các loại cá tương tự. Phân xưởng được trang bị thiết bị hiện đại có thể đáp ứng tất cả các yêu cầu của khách hàng.

Phân xưởng Đông Lạnh chuyên xử lý các sản phẩm đông lạnh với hệ thống IQF/BQF và hệ thống đông gió.

Chi nhánh Hà Nội chịu trách nhiệm cho việc phân phối sản phẩm Seaspimex ở khu vực phía Bắc.

Phòng Hành Chánh Nhân Sự thực hiện quản lý các công tác hành chánh và nhân sự của Seaspimex. Phòng cũng chịu trách nhiệm cho hoạt động Công Nghệ Thông Tin cũng như đội bảo vệ.

Phòng Cơ Điện chịu trách nhiệm đảm bảo hoạt động liên tục của máy móc thiết bị cơ khí của nhà máy.

Phòng Kho Vận chịu trách nhiệm sắp xếp và vận hành kho lạnh 2500 tấn cũng như theo dõi việc nhập nguyên liệu và xuất hàng thành phẩm.

Phòng Quản Lý Chất Lượng chịu trách nhiệm đảm bảo chất lượng sản phẩm từ nguyên vật liệu đến thành phẩm. Ngoài ra, phòng cũng hỗ trợ phòng kinh doanh nội địa và kinh doanh xuất nhập khẩu tuân thủ theo quy định vệ sinh an toàn thực phẩm của các thị trường.

Phân xưởng Đồ Hộp chịu trách nhiệm sản xuất các sản phẩm đồ hộp bao gồm cá hộp, ghẹ lon, rau củ quả đóng lon, trái cây đóng hộp.

Phân xưởng Súc Sản chuyên sản xuất các sản phẩm tiêu dùng nhanh liên quan đến thịt heo, thịt bò, cá.

Phòng Nghiên Cứu Phát Triển tập trung phát triển các sản phẩm mới theo thị hiếu thị trường và yêu cầu của khách hàng. Ngoài ra, phòng cũng cải thiện chất lượng các sản phẩm hiện tại, cắt giảm chi phí sản xuất các sản phẩm bằng cách sử dụng các nguyên liệu, công thức thay thế hợp lý.

Phân xưởng Ghẹ chịu trách nhiệm sản xuất ghẹ thanh trùng và ghẹ tiệt trùng cho Seaspimex.